Plusieurs commandes du clavier sont disponibles pour jouer à Pharaon. Les commandes sont les suivantes :
| Touche | Fonction |
| A | Ordonne au navire de guerre sélectionné d'attaquer tous les ennemis. |
| C | Affiche l'option Criminalité de la carte des risques ou ordonne à la compagnie de conducteurs de char sélectionné de charger. |
| D | Affiche l'option Dégâts de la carte des risques. |
| E | Ordonne au transporteur sélectionné d'échapper à l'ennemi. Affiche la carte des ressources en eau. |
| F | Affiche l'option Incendie de la carte des risques ou ordonne à la compagnie sélectionnée de rejoindre son fort. |
| H | Masque un terrain de falaise. Ordonne au bateau sélectionné de maintenir sa position |
| I | Affiche la carte des impôts. |
| L | Centre la vue sur une nouvelle compagnie militaire chaque fois que vous appuyez sur cette touche. Lorsqu'une compagnie est sélectionnée et que vous appuyez sur la touche L, la compagnie reçoit l'ordre de se déplacer en formation espacée. |
| M | Lorsque vous sélectionnez un monument parmi la liste des bâtiments, son 'empreinte' apparaît au bout de votre curseur afin de vous aider à définir l'espace nécessaire à la construction de ce monument. Maintenez la touche 'M' enfoncée pour fixer 'l'empreinte' du monument à l'endroit voulu. Vous pourrez ainsi faire pivoter la vue de votre cité sans déplacer le monument. Relâchez la touche M pour retrouver 'l'empreinte' au bout de votre curseur ou cliquez sur l'emplacement prévu pour fixer le monument. Lorsqu'une compagnie est sélectionnée et que vous appuyez sur la touche 'M', la compagnie reçoit l'ordre d'effectuer un balayage. |
| N | Ordonne à la compagnie ou au navire de guerre sélectionné d'attaquer l'ennemi le plus proche. |
| P | Interrompt momentanément le déroulement de la partie. Lorsque la partie est en mode pause, il vous est impossible de construire quoi que ce soit. |
| R | Lorsque vous placez une statue, un corps de garde ou un ensemble de temples, la touche R vous permet de faire pivoter l'orientation de la structure de 45° dans le sens des aiguilles d'une montre, ce qui vous permet entre autres de voir une statue sous différents angles. Lorsqu'une compagnie est sélectionnée et que vous appuyez sur la touche R, la compagnie reçoit l'ordre de modifier sa direction (de pivoter). Cette touche transmet également l'ordre au transporteur ou au navire de guerre sélectionné de rejoindre la fabrique de bateaux pour réparation. |
| T | Affiche l'option 'Problème' de la carte des risques. Lorsqu'une compagnie est sélectionnée et que vous appuyez sur la touche T, la compagnie reçoit l'ordre de se placer en formation serrée. |
| W | Diminue la vitesse du jeu par incrément de 10%. Lorsqu'un navire de guerre ou un transporteur est sélectionné et que vous appuyez sur la touche W, celui-ci reçoit l'ordre de rejoindre son quai d'origine. |
| X | Augmente la vitesse du jeu par incrément de 10% |
| Y | Affiche les risques : carte de la malaria |
| Z | Affiche les risques : cartes des maladies. Barre espace : Appuyez sur la barre espace pour basculer entre la dernière carte sélectionnée et la vue normale de la cité. |
| Echap | Quitte le jeu |
| Tab | Chef de la main-d’œuvre |
| 1 | Chef militaire |
| 2 | Chef politique |
| 3 | Chef des niveaux |
| 4 | Chef du commerce |
| 5 | Chef de la nourriture |
| 6 | Chef de l'hygiène |
| 7 | Chef de l'éducation |
| 8 | Chef des loisirs |
| 9 | Chef des temples |
| 0 | Chef des finances |
| ) | Responsable |
| = | Chef des monuments |
| Ctrl + F1 | Crée un signet F1 à l'emplacement actuel |
| Ctrl + F2 | Crée un signet F2 à l'emplacement actuel |
| Ctrl + F3 | Crée un signet F3 à l'emplacement actuel |
| F1 | Passe au signet F1 |
| F2 | Passe au signet F2 |
| F3 | Passe au signet F2 |
| F6 | Passe en mode fenêtre |
| F7 | Sélectionne une résolution 640 x 480 |
| F8 | Sélectionne une résolution 800 x 600 |
| F9 | Sélectionne une résolution 1024 x 768 |